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Se refiere a aquellos embriones que tienen una carga cromosómica (algo similar a la cantidad de material genético) anómala. La aneuploidía es muy común en los embriones humanos, aproximadamente tres de cada cuatro embriones en día 3 contiene alteraciones cromosómicas de origen, producidas durante la formación de los gametos, o postzigótico, formadas tras la fecundación. La aneuploidía embrionaria aumenta conforme mayor es la edad de la madre.